Les poissons migrateurs font partie du patrimoine piscicole et halieutique du bassin Rhône-Méditerranée. Outre leur caractère patrimonial, les poissons migrateurs amphihalins, qui vivent alternativement entre les milieux marins et eaux douces, sont des indicateurs de bonne qualité écologique des milieux. Leur présence rend compte du bon fonctionnement et du bon état des écosystèmes aquatiques.
De plus, ils présentent un intérêt économique à prendre en compte en tant que ressources halieutiques en particulier sur le littoral méditerranéen. Pour autant, la situation est préoccupante pour la plupart de ces espèces sur ce bassin.
Seules trois espèces migratrices sont encore présentes dans le bassin. Il s'agit de :
- l'anguille européenne (Anguilla anguilla)
- l'alose feinte du Rhône (Alosa fallax), espèce endémique et emblématique du bassin Rhône-Méditerranée,
- et la lamproie marine (Petromyson marinus) très rarement observée désormais.
Abondante au début du XXème siècle, la lamproie fluviatile est devenue très rare, voire en voie d'extinction, sur le bassin Rhône-Méditerranée depuis 40 ans. Les populations de lamproie fluviatile sont considérées comme relictuelles, n'ayant pas été vue depuis plusieurs années sur ce bassin. L'esturgeon, une espèce de poissons migrateurs historique du bassin Rhône Méditerranée, a disparu au début des années 1970. Il n'existe pas de population de truite de mer, ni de saumon atlantique sur le bassin.
Le bassin s’est doté d’un observatoire des poissons migrateurs amphihalins afin de publier des données de suivi des populations d’alose feinte du Rhône, de lamproie marine et d’anguille européenne.
