Les lacs et cours d'eau mais aussi les zones inondables ou humides (marais et tourbières), les nappes souterraines constituent les écosystèmes aquatiques. Le milieu aquatique est caractérisé par : un habitat (pentes plus ou moins accentuées au niveau des berges), des populations végétales, des populations animales, la qualité physico-chimique de l'eau (température, nutriments, ...).