La masse d'eau, unité définie par la DCE pour la gestion de l'eau, est un ensemble aquatique dont les caractéristiques physiques, chimiques, et biologiques sont considérées comme homogènes. En pratique il s'agit d'une portion de cours d'eau ou de zones côtières, d'une lagune, d'un plan d'eau, d'une nappe ou d'un regroupement de nappes souterraines.
L'état de chaque masse d'eau est évalué dans le cadre des travaux du SDAGE, en agrégeant l'ensemble des données disponibles sur cette masse d'eau. Ainsi, lorsqu'elles sont disponibles, les données d'états des station(s) de suivi situées sur la masse d'eau sont agrégées selon l'arrêté ministériel du 25 janvier 2010 modifié. Sinon, l'évaluation des impacts des pressions anthropiques dans le cadre des état des lieux des SDAGE est utilisée pour extrapoler l'état de la masse d'eau.
L' évaluation de l’état de toutes les masses d’eau est actualisée tous les 6 ans dans le cadre des états des lieux et est disponible dans l’outil cartographique en ligne.