Très solubles dans l’eau, les nitrates constituent une cause majeure de pollution qui contribue à modifier l’équilibre biologique des milieux aquatiques. L'essentiel de cette pollution est dû à la différence entre les apports en nitrates sous forme d’engrais et ce qui est réellement consommé par les plantes. L’eau chargée en nitrates, qui ruisselle depuis les champs et rejoint les rivières puis la mer, constitue une cause majeure de pollution.
La réglementation relative à la lutte contre la pollution par les nitrates d'origine agricole poursuit le double objectif de reconquérir la qualité des ressources en eau et d'adapter les pratiques agricoles en vue de limiter cette pollution. Elle est fixée au niveau européen par la directive européenne 91/676/CEE du 12 décembre 1991, dite Directive Nitrates, qui impose :
- un suivi des concentrations en nitrates des eaux superficielles et souterraines du bassin (réseau de surveillance "nitrates")
- la désignation des zones vulnérables à ces pollutions à l'échelle de chaque bassin hydrographique
- la mise en place d'un programme d'actions
L'application nationale de cette directive est décrite par les articles R. 211-75 à R211-84 du code de l'environnement.
