La faiblesse des précipitations sur le sud du bassin est à l’origine de la dégradation des débits des cours d’eau en particulier en PACA et sur le versant méditerranéen de l’Occitanie : respectivement 56 % et 64 % de ceux-ci présentent des débits faibles à très faibles. A l’inverse, la situation des cours d’eau s’améliore en Bourgogne-Franche-Comté et à l’est d’Auvergne-Rhône-alpes. Le débit des cours d’eau augmente sur ces régions. L’équivalent en eau du manteau neigeux suit la médiane.
Les débits du Rhône sont supérieurs à la moyenne sur toutes les stations d’amont en aval de l’axe fluvial en partie en lien avec les modalités de gestion hydroélectrique des retenues par les services industriels de Genève.
Les débits de la Saône aval sont légèrement inférieurs à la moyenne.
En février, la majorité des nappes sont en période de recharge avec des niveaux en hausse à l’exception de la région PACA où les niveaux baissent. Cependant leur évolution générale interannuelle est très hétérogène à l’échelle du bassin voir au sein des régions PACA et Bourgogne-Franche-Comté (BFC).
La situation des nappes est globalement bonne avec des niveaux hauts, modérément hauts et autour de la moyenne en Occitanie et en PACA. Elle demeure préoccupante sur les aquifères fluvio-glacières du couloir rhodanien et du val de Saône où les niveaux sont modérément bas à très bas.
Concernant les retenues du bassin sont à signaler en Côte d’Or, la fin de vidange du barrage de Chazilly dorénavant réalisée pour permettre les travaux de confortement qui dureront jusqu’à l’automne.
En PACA, au vu des prévisions d'apports et du niveau actuel des principales retenues de cette région, aucune difficulté n'est à signaler à ce jour sur la capacité de constitution des réserves agricoles, ni sur les perspectives de remplissage des principales retenues de cette région.
Au 10 mars 2020, deux départements conservent des mesures de limitation des usages de l’eau sur les eaux souterraines : l’Ain est placé en alerte renforcée (Dombes-Certines) et la Drôme en alerte (Valloire, Gallaure, Drôme des Collines et Plaine de Valence).