La directive cadre sur l'eau (DCE) demande que soit établi un registre des zones protégées incluant toutes les zones situées dans le bassin qui ont été désignées comme nécessitant une protection spéciale dans le cadre d'une législation communautaire spécifique concernant la protection des eaux, la conservation des habitats et des espèces directement dépendantes de l'eau. Sur le bassin Rhône-Méditerranée, ce registre comprend l'ensemble des masses d'eau utilisées pour le captage d'eau potable et toutes les zones protégées couvertes par l'annexe IV de la DCE et reprises ci-dessous.
Les zones de captage d’eau destinée à la consommation humaine
Les captages d’eau de surface fournissant en moyenne plus de 100 m³/ j pour l’alimentation en eau potable font l’objet d’un programme d’analyses de la qualité de l’eau portant sur toutes les substances prioritaires désignées en application de l’article R. 212-9 du code de l’environnement qui sont rejetées dans le bassin versant de la masse d’eau, toutes les autres substances rejetées en quantités importantes qui sont susceptibles de modifier l’état de la masse d’eau et qui sont contrôlées en application des articles R. 1321-15 et R. 1321-16 du code de la santé publique.
Les zones désignées pour la protection des espèces aquatiques importantes du point de vue économique
Dans le bassin Rhône-Méditerranée, cette partie du registre des zones protégées recense les zones de production conchylicole. La surveillance s'appuie sur plusieurs réseaux : réseau de contrôle microbiologique (REMI), réseau de surveillance du phytoplancton et des phycotoxines (REPHY), réseau d'observation de la contamination chimique (ROCCH), réseau de surveillance benthique (REBENT). La description de ces réseaux est consultable sur le site de l'IFREMER.
Les zones de baignade
Les zones de baignade sont surveillées par les agences régionales de santé (ARS) selon les modalités définies au décret n°2008-990 du 18 septembre 2008 relatif à la gestion de la qualité des eaux de baignade et des piscines. Les informations relatives à la surveillance des zones de baignade sont accessibles sur le site Eaux de baignades.
Les zones vulnérables à la pollution par les nitrates d'origine agricole
Au titre de la directive européenne 91/676/CEE du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole, doivent être désignées comme vulnérables toutes les zones connues qui alimentent les eaux polluées par les nitrates d’origine agricole et celles susceptibles de l’être et celles ayant tendance à l’eutrophisation du fait des apports de nitrates d’origine agricole. Sur ces zones doivent être mis en œuvre des programmes d'actions encadrant l’utilisation des fertilisants azotés d'origine agricole. La directive prévoit une campagne de surveillance des concentrations dans les eaux au moins tous les quatre ans. Le zonage doit être revu au moins tous les quatre ans selon la teneur en nitrates observée par le réseau de surveillance.
Depuis la cinquième campagne nitrates (octobre 2010- septembre 2011), le « réseau nitrates » du bassin a évolué pour mieux s’articuler avec le programme de surveillance exigé par la directive cadre sur l’eau (DCE). Une importante révision du réseau a eu lieu en 2013 en vue de la sixième campagne (octobre 2014- septembre 2015). Pour la huitième campagne de surveillance (du 1er octobre 2022 au 30 septembre 2023), le réseau a été adapté à la marge sur les points majeurs de difficulté signalés lors des consultations 2021 pour la révision des zones vulnérables. La maîtrise d’ouvrage des stations est assurée en très grande majorité par l’agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse mais peut être complétée par d’autres opérateurs tels que les ARS (contrôle sanitaire), une collectivité (agglomération de Valence), la DREAL Auvergne-Rhône-Alpes ou des syndicats des eaux.
Le réseau comporte ainsi 1574 stations dont 808 pour les cours d’eau et 766 qualitomètres pour les eaux souterraines :
- Cours d'eau
- Eaux souterraines
Les zones sensibles sujettes à l’eutrophisation
Les zones sensibles sont définies en application de la directive « eaux résiduaires urbaines » 91/271/CEE. Le classement d’un territoire en zone sensible implique l’application de normes spécifiques sur les rejets des stations d’épuration sur les paramètres phosphore ou azote, voire sur la bactériologie.
Le contrôle sur les eaux résiduaires urbaines s’exerce à deux niveaux :
- sur les rejets provenant des stations d’épuration des eaux urbaines résiduaires, afin d’en vérifier la conformité avec les prescriptions de l’annexe I de la directive 91/271/CEE;
- sur les eaux réceptrices de rejets, lorsqu’il y a lieu de craindre que l’environnement récepteur soit fortement altéré par ces rejets. » (article 15, directive 91/271/CEE).
Les sites Natura 2000
Le registre des zones protégées intègre les zones de protection spéciales (ZPS) définies en application de la directive 2009/147/CE et les zones spéciales de conservation définies en application de la directive 92/43/CEE.
Les masses d’eau qui comprennent des zones d’habitat et des zones de protection d’espèces sont incluses dans le programme de contrôles opérationnels si elles sont identifiées comme risquant de ne pas satisfaire aux objectifs environnementaux mentionnés au IV de l’article L. 212-1 du code de l’environnement.
Les contrôles sont effectués pour évaluer l’ampleur et l’incidence de toutes les pressions importantes pertinentes exercées sur ces masses d'eau et, le cas échéant, pour évaluer leur changement d’état consécutif au programme de mesures. Les contrôles se poursuivent jusqu’à ce que les zones soient conformes aux exigences relatives à l’eau, prévues par la législation qui les désigne comme telles et qu’elles répondent aux objectifs environnementaux mentionnés au IV de l’article L.212-1 du code de l’environnement. Ces contrôles constituent des contrôles additionnels.