Les deux premières décades de septembre se caractérisent par la poursuite des conditions de températures estivales voire caniculaires. En fin de mois, les précipitations reviennent localement sur le bassin et les températures se rafraîchissent.
Si la situation de certains cours d’eau s’améliore, elle reste cependant tendue sur bon nombre de rivières en Auvergne-Rhône-Alpes (ARA), où 78 % des cours d’eau présentent un débit faible à très faible (+9 % par rapport à août) et en Bourgogne-Franche-Comté (BFC) 76 % des cours d’eau. Une crue violente de type cévenol a eu lieu le 19 septembre sur le Gardon dans la vallée de Saint-Jean du Gard. Suite aux précipitations sur le versant méditerranéen de l’Occitanie et en PACA, la situation des cours d’eau en cette fin de mois s’améliore : 31 % des cours d’eau occitans sont à des faibles débits et 29 % en PACA. Les cours d’eau à débit fort à très fort sont en augmentation et représentent 18 % des cours d’eau occitans soit une augmentation de 8 % par rapport au mois précédent et en PACA 12 % des cours d’eau de la région, situation stable par rapport au mois précédent.
Les sols demeurent secs sur une grande partie du bassin excepté sur les reliefs.
En l’absence de précipitations significatives, la majorité des nappes de BFC et ARA reste à des niveaux très bas et l’évolution de leur niveau se poursuit à la baisse prolongeant leur phase de vidange amorcée en mars. La situation se dégrade même légèrement sur ces nappes réactives. En Occitanie et PACA, 24 % des stations présentent des niveaux modérément haut à très haut avec une progression de 4 %. Celle à niveau proche de la moyenne ne varie pas beaucoup (+1 % soit 16 % des stations). Sur les deux régions à bordure méditerranéenne, la tendance d’évolution des niveaux est à la hausse sur quelques nappes en situation favorable par rapport aux mois de septembre des années précédentes ; il s’agit des nappes du multicouche du Roussillon et des alluvions du littoral languedocien rechargées en avril et mai et des alluvions des aquifères côtiers de la côte d’Azur.
La tendance d’évolution des niveaux est à la baisse sur les nappes des alluvions, cailloutis et corridors fluvio-glaciaires de Bourgogne, du Rhône amont et moyen qui cumulent des déficits de recharge lors des trois hivers secs précédents.
L’état des milieux s’améliore pour certains cours d’eau et de façon pérenne en Occitanie et en PACA dans les départements alpins (Hautes-Alpes, excepté sur les bassins versants du Buëch et de l’Eygue, sur l’est des Alpes de Haute-Provence et l’arrière-pays maralpin). L’amélioration reste plus lente sur le Vaucluse, l’ouest des Alpes de Haute-Provence, l’arrière-pays varois et les cours d’eau côtiers. En BFC, seule la Côte d’Or présente un indice très bas de 4 à 6. En ARA, la situation des rivières du nord-Isère, de la Drôme et de l’Ain, étant en connexion avec des nappes dont le niveau est bas, reste dégradée les pluies de la fin du mois n’ayant pas effacé les effets prolongés de la sécheresse au cours des deux premières décades.
Au 10 octobre, dix-sept départements ont pris des mesures de limitation des usages de l’eau concernant comme plus haut niveau la crise (Jura, Côte d’Or, Ain, Bouches-du-Rhône, Var, Gard et Rhône), l’alerte renforcée (Haute-Marne, Drôme, Isère, Aude, Loire et Ardèche) et alerte (Alpes de Haute-Provence, Savoie et Aveyron). La vigilance est retenue en Lozère sur les secteurs de Chassezac et Gardons cévenols.
En conclusion, le bassin est encore caractérisé par une situation de sécheresse en septembre et une prolongation tardive de la période de basses eaux. Si les précipitations se poursuivent en octobre et les températures restées stables, l’inversion des tendances et la recharge pourraient se généraliser sur les différents compartiments des ressources en eau. Les prévisions saisonnières de Météo-France ne sont pas favorables à une recharge importante en particulier des nappes d’octobre à décembre 2020.