Les lacs ont connu des genèses diverses ; ils sont issus de mouvements d'origine tectonique, volcanique, glaciaire ou de la résultante d'un glissement de terrain ou d'une érosion fluviatile.
La formation d'un lac est d'abord liée à celle d'une contre-pente qui empêche l'écoulement des eaux et d'une nécessaire imperméabilité des terrains sous-jacents. La diversité actuelle des plans d'eau du bassin provient de leurs histoires géologiques différentes.
La tectonique a eu un rôle déterminant pour les sites propices à une installation lacustre : un petit bassin d'effondrement, une zone de subsidence, une cuvette synclinale. Les périodes glaciaires quaternaires ont remodelé certains types de plans d'eau.
1-Héritages glaciaires
Les lacs de surcreusement glaciaire
C'est le réchauffement climatique permanent qui a eu lieu depuis 10.000 ans qui a entraîné la fonte progressive des grands glaciers quaternaires. Ce phénomène a engendré de puissantes contre-pentes à l'intérieur de la montagne et dans sa périphérie. La genèse du lac du Bourget, par exemple, est caractéristique du surcreusement glaciaire imposé au cours du heurt de deux glaciers.
Les lacs d'altitude : paysage actuel et passé
 Mise en place d'une contre-pente
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 Le lac en résultant
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Lacs à ablation dominante |
Lacs à accumulation dominante |
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Lorsque les glaces intramontagnardes atteignent la zone du piémont, la glace s'étale très largement et travaille la roche en attaquant surtout les secteurs tendres. Cela permet la mise en place d'une surface tourmentée à contre-pentes nombreuses propices à la constitution de lacs postglaciaires |
La fonte du glacier génère une topographie originale due aux dépôts de débris charriés par le glacier. La fonte de ces glaces laisse subsister des culots de glace morte générateurs de creux importants : les Kettler (comme certains marais de la Dombes). |
 Creusement par le glacier des zones tendres |
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2-Récits géologiques
Lac d'Issarlès
Le lac d'Issarlès en Ardèche et le lac de Pavin dans le Puy de Dôme sont deux exemples d'une formation d'origine volcanique, ce que l'on appelle aussi un lac de cratère.
Les lacs de Nantua et de St Point ont une origine glaciaire. Ils résultent de la formation d'un barrage, peut-être constitué par une moraine déposée par le glacier. Quant au lac d'Annecy, son bassin a été creusé directement par un glacier.
3-Autres cas étranges
Une coulée de lave volcanique dans la vallée de la Romanche (38) a créé le lac du Chambon aujourd'hui transformé en retenue EDF.
Il existe aussi des cas de lacs d'éboulement comme le lac de Sylans dans l'AIn et plus récemment le lac de Vallon en Haute-Savoie en 1943, qui sont nés d'un glissement de terrain.
Coupe schématique du lac de Sylans montrant le nouveau cours suivi par l'eau lors des périodes de hautes eaux (B), et les fuites à travers l'éboulis en (A), chacune d'un côté du versant.