Les massifs alpins et pyrénéens se caractérisent par une très grande diversité de formations et de contextes, avec une géomorphologie profondément marquée par les glaciations quaternaires. Les conditions géologiques et structurales particulières aux massifs conduisent à la constitution d'une multitude d'unités à la perméabilité très variable.
Il s'agit en général de nombreuses petites unités discontinues, compartimentées et de faible volume (formations morainiques de faible extension, alluvions torrentielles, cônes d’éboulis…) intégrées aux domaines alpins et subalpins sur des substrats variés.
Leur alimentation dépend des précipitations à leur surface mais aussi des apports de versant. Leurs réserves sont limitées et les débits d’étiage souvent faibles. Des milliers de sources issues de ce type de formations sont captées dans les départements alpins.
Ces aquifères très localisés en général de productivité médiocre ont toutefois un grand intérêt pour l’alimentation en eau des zones rurales de montagne.
Toutefois, si dans les massifs internes et externes, les aquifères sont généralement de petite taille et à faibles réserves, les formations calcaires bien représentées dans les Préalpes et parfois présentes sur de grandes surfaces, autorisent la constitution d'importants systèmes karstiques en liaison avec une forte pluviométrie.
A l'échelle du domaine alpin les principaux magasins aquifères sont constitués par les dépôts alluvionnaires d’origine fluviatile, fluvio-glaciaire et glaciaire qui occupent assez régulièrement le fond et les versants des vallées et par les calcaires.
