Les cours d’eau à régime nival et pluvio-nival de Bourgogne-Franche-Comté de l’Est d’Auvergne-Rhône-Alpes profitent de la fonte des neiges et enregistrent en conséquence des débits en augmentation. La proportion des rivières à débit fort à très fort augmente pour atteindre respectivement 31 et 67 % par rapport au mois de février. Dans une moindre mesure, la situation des cours d’eau de la région PACA s’améliore légèrement. Les données des débits des cours d’eau en Occitanie n’ont pas pu être transmises.
Le débit du Rhône est supérieur à la moyenne sur toutes les stations du nord au sud, tout comme la Saône aval à la station de Couzon.
En mars, 54 % des retenues à vocation multi-usages présentent un taux de remplissage supérieur à 70 %. Les taux bas, pour les retenues des Alpes (Serre-Ponçon et Castillon), ne traduisent pas un déficit hydrologique mais illustrent une gestion prudente des volumes de la part des gestionnaires qui abaissent la côte des lacs en prévision des apports liés à la fonte des neiges.
La reprise de la végétation, la diminution des pluies efficaces et l’augmentation de l’évapotranspiration à partir de mi-mars ont entraîné un ralentissement des hausses de niveaux des nappes réactives. Certaines nappes interstitielles (à temps de réponse long) présentent des niveaux très bas sur le couloir du Rhône, de la Saône et à l’est du massif central. Ces nappes fortement impactées par les déficits pluviométriques des trois périodes d’hivers secs précédentes n’arrivent plus à se recharger, étant par ailleurs particulièrement sollicitées (nappes des cailloutis de Bourgogne, nappes des couloirs fluvioglaciaires du Rhône amont et moyen).
Au 10 avril 2020, trois départements ont pris des mesures de limitation des usages de l’eau sur les eaux souterraines : l’Ain (Dombes-Certines) et la Drôme (Valloire, Gallaure, Drôme des Collines et Plaine de Valence) sont placés en alerte et cinq secteurs du Rhône en situation de vigilance.
Si des épisodes pluvieux au cours du mois d’avril ne viennent pas contribuer aux besoins d’eau en agriculture en particulier dans les secteurs de bas niveaux des nappes voir de cours d’eau la situation va avoir tendance à se dégrader rapidement pendant la période de croissance des cultures.