Des précipitations parfois abondantes (entre 150 et 200 mm) pendant le mois de mai sont enregistrées sur les sommets de toute la bordure Est du bassin localement sur le Jura (39) puis sur toute la chaîne occidentale des Alpes, des Savoies jusqu’aux Alpes du Sud dans les Alpes-maritimes (06) et la barrière Cévennole. La première décade de juin enregistre des précipitations sur l’ensemble du bassin excepté sur la bordure nord-ouest du bassin sous régime océanique. La fonte du manteau neigeux se poursuit au cours du mois de mai; elle est terminée en fin de mois dans Alpes du Sud et les Pyrénées.
Les précipitations et la fonte des neiges profitent aux cours d’eau : l’amélioration est importante en régions PACA, Occitanie et Auvergne-Rhône-Alpes pour lesquelles les pourcentages de cours d’eau à débit faible à très faible diminue. La situation reste très dégradée en Bourgogne-Franche-Comté où les débits dont inférieurs voire très inférieurs aux moyennes enregistrées. Des assecs ponctuels commencent à être observés sur la bordure nord-ouest du bassin en particulier en Saône-et-Loire.
Le débit du Rhône est inférieur à la moyenne sur toutes les stations sur le Rhône amont à celle de Bognes tout comme celui de la Saône à la station de Couzon qui enregistre des débits bas situés au 21ème rang des débits les plus bas connus depuis 100 ans.
Les précipitations de mai ont été particulièrement favorables au remplissage des retenues à cette période de l’année hydrologique par des mesures de gestionnaires favorisant leur remplissage en prévision de la période d’étiage et de l’augmentation des besoins en irrigation.
Les sols les plus secs, se concentrent dans la vallée du Rhône (indice compris entre 0,35 et 0,40) de la Camargue en remontant vers le nord jusqu’à Lyon et mais surtout ceux sous influence océanique des départements de la Loire, de la Saône-et-Loire et de la Côte d’Or. Ceux-ci enregistrent un déficit d’humidité des sols de 70 à 80 %.
L’observatoire national des étiages suivi par les services départementaux et régionaux de l’Office national de la biodiversité (OFB) présente une situation globalement favorable aux conditions d’écoulement et leurs impacts sur les écosystèmes aquatiques, leurs habitats et les espèces associées excepté en Côte d’Or en certains départements en Auvergne-Rhône-Alpes. Dans cette région, la situation est déjà critique à la mi-mai sur l’axe Rhône, délicate sur le sud de la Drôme (en conséquence du déficit neigeux sur les pré-Alpes), le nord-Isère et à l’ouest de l’Ain (impactés par le déficit de pluies du printemps). Cette situation délicate a été, pour l’instant stabilisée par les pluies tombées à partir de la mi-mai.
La faiblesse des débits impactant les hauteurs d’eau et la largeur d’écoulement réduit les surfaces des frayères potentielles. De plus les possibilités de déplacements des populations vers les zones de reproductions limitées réduit en conséquence la reproduction hivernale des salmonidés. La reproduction du brochet est également affectée par l’absence de crues printanières favorables. Des campagnes complémentaires ont été déclenchées notamment dans le Gard qui ont permis de disposer d’indicateurs d’anticipation de l’étiage sur les têtes de bassin versant et de constater 4 ruptures d’écoulement voire assecs dans ce département, situation plus dégradée à ce stade qu’en 2019.
La situation est toujours dégradée sur certains secteurs enregistrant des niveaux bas à très bas sur les nappes des alluvions, cailloutis de Bourgogne, les nappes des alluvions et corridors fluvio-glaciaires du Rhône amont et moyen et les nappes du socle et du volcanisme de l’est du massif central, fortement impactées par les déficits pluviométriques successifs depuis 2017 et des prélèvements supérieures aux capacités de recharge de ces nappes. Les fortes précipitations de mai permettent de soulager la situation de tension enregistrée sur ces nappes réactives qui enregistrent des hausses de niveaux pendant la période de recharge toutefois insuffisante face à la situation et un ralentissement de la vidange des nappes interstitielles.
Au 10 juin, dix départements ont pris des mesures de limitation des usages de l’eau au seuil de restriction d’alerte renforcée sur la Crosne (Saône-et-Loire), d’alerte sur les cours d’eau et leur nappe d’accompagnement de l’Ain, l’Isère, le Rhône, l’Ardèche, la Côte d’Or et la Drôme) et des appels à la vigilance sur les départements du Jura, de la Loire et de la Haute-Saône. La recharge des nappes plio-quaternaires du Roussillon ont permis aux services du préfet de rétrograder le niveau d’alerte renforcée à l’alerte.