En gras: espèce visée par la Directive Habitat, à protéger dans le Réseau Natura 2000.
Famille des Acipenséridés
| Acipenser sturio : esturgeon | Disparu du Rhône |
| Acipenser baeri : esturgeon de Sibérie | Non acclimaté, en extension |
Famille des Clupéidés
| Alosa alosa : grande alose | Extrêmement rare |
| Alosa fallax : alose feinte | Espèce vulnérable, en déclin |
Famille des Salmonidés
| Salmo trutta cf. fario : truite de rivière | Espèce commune |
| Salmo trutta cf. lacustris : truite de lac | Espèce sensible, à protéger |
| Salmo trutta macrostigma : truite de Corse | Espèce vulnérable, en déclin |
| Onchorynchus mykiss : truite arc en ciel | Non acclimaté, en extension |
| Hucho hucho : huchon | Acclimaté, en régression |
| Salvelinus alpinus : omble chevalier | Espèce vulnérable, en déclin |
| Salvelinus fontinalis : omble de fontaine | Acclimaté, en extension |
| Salvelinus namaycush : cristivomer | Acclimaté, en extension |
| Thymallus thymallus : ombre commun | Espèce vulnérable, en déclin |
| Coregonus lavaretus : lavaret | Espèce sensible, à protéger |
Famille des Esocidés
| Esox lucius : brochet | Espèce vulnérable, en déclin |
Famille des Cyprinidés
| Cyprinus carpio : carpe | Espèce commune |
| Carassius carassius : carassin | Répartition mal connue |
| Carassius auratus : carassin doré | Acclimaté, en extension |
| Barbus barbus : barbeau fluviatile | Espèce commune |
| Barbus meridionalis : barbeau méridional | Espèce sensible, à protéger |
| Gobio gobio : goujon | Espèce commune |
| Tinca tinca : tanche | Espèce commune |
| Chondrostoma nasus : hotu | Acclimaté, en régression |
| Chondrostoma toxostoma : toxostome | Espèce vulnérable, en déclin |
| Abramis brama : brème | Espèce commune |
| Blicca bjoerkna : brème bordelière | Espèce commune |
| Rutilus rutilus : gardon | Espèce commune |
| Scardinius erythrophthalmus : rotengle | Espèce commune |
| Rhodeus sericeus : bouvière | Espèce sensible, à protéger |
| Alburnoides bipunctatus : spirlin | Espèce sensible, à protéger |
| Alburnus alburnus : ablette | Espèce commune |
| Leucaspius delineatus : able de Heckel | Répartition mal connue |
| Leuciscus cephalus : chevaine | Espèce commune |
| Leuciscus leuciscus : vandoise | Espèce commune |
| Leuciscus soufia : blageon | Espèce sensible, à protéger |
| Leuciscus idus : ide melanote | Acclimaté, en extension |
| Phoxinus phoxinus : vairon | Espèce commune |
| Pseudorasbora parva : pseudorasbora | Acclimaté, en extension |
| Pimephales promelas : tête de boule | Répartition mal connue |
| Ctenopharyngodon idella : amour blanc | Non acclimaté, en extension |
| Hypophthalmichthys molitrix : carpe argentée | Non acclimaté, en extension |
| Aristichthys nobilis : carpe à grosse tête | Non acclimaté, en régression |
Famille des Cobitidés
| Misgurnus fossilis : loche d'étang | Espèce vulnérable, en déclin |
| Barbatula barbatula : loche franche | Espèce commune |
| Cobitis taenia : loche épineuse | Menacé d'extinction |
Famille des Siluridés
| Silurus glanis : silure glane | Acclimaté, en extension |
Famille des Ictaluridés
| Ictalurus melas : poisson chat | Acclimaté, en régression |
Famille des Anguillidés
| Anguilla anguilla : anguille | Espèce vulnérable, en déclin |
Famille des Gasterosteidés
| Gasterosteus aculeatus : épinoche | Espèce commune |
| Pungitius pungitius : épinochette | Espèce vulnérable, en déclin |
Famille des Cyprinodontidés
| Aphanius fasciatus : aphanius de Corse | Espèce sensible, à protéger |
| Aphanius iberus : aphanius d'Espagne | Disparu du Roussillon |
| Valencia hispanica : cyprinodonte de Valence | Disparu du Roussillon |
Famille des Poecilidés
| Gambusia affinis : gambusie | Acclimaté, en extension |
Famille des Mugilidés
| Mugil cephalus : mulet cabot | Espèce commune |
| Liza ramada : mulet porc | Espèce commune |
| Liza aurata : mulet doré | Espèce commune |
| Chelon labrosus : mulet à grosse lèvre | Espèce commune |
Famille des Atherinidés
| Atherina boyeri : joel | Espèce commune |
Famille des Gadidés
| Lota lota : lote de rivière | Espèce vulnérable, en déclin |
Famille des Centrarchidés
| Lepomis gibbosus : perche soleil | Acclimaté, en extension |
| Micropterus salmoides : black bass | Acclimaté, en régression |
Famille des Percidés
| Gymnocephalus cernua : grémille | Espèce commune |
| Perca fluviatilis : perche | Espèce commune |
| Stizostedion lucioperca : sandre | Acclimaté, en extension |
| Zingel asper : apron | Menacé d'extinction |
Famille des Blenniidés
| Salaria fluviatilis : blennie | Espèce vulnérable, en déclin |
Famille des Cottidés
| Cottus gobio :chabot | Espèce sensible, à protéger |
| Cottus petiti : chabot du Lez | Réduit à un seul site |
Famille des Pleuronectidés
| Platichthys flesus : flet | Espèce commune |
Famille des Serranidés
| Dicentrarchus labrax : loup ou bar | Espèce commune |
Famille des Petromyzonidés
| Lampetra fluviatilis : lamproie fluviatile | Répartition mal connue |
| Lampetra planeri : lamproie de Planer | Espèce vulnérable, en déclin |
| Petromyzon marinus : lamproie marine | Répartition mal connue |