Le déficit de précipitations du mois de janvier n’a pas permis une poursuite de l’amélioration de la situation des cours d’eau du bassin : la proportion des cours d’eau à faible débit des régions Auvergne Rhône-Alpes (ARA) et Bourgogne-Franche-Comté (BFC) augmentent drastiquement. Ainsi, 94 % des cours d’eau de la région BFC et 80 % de ceux de la région ARA sont faibles. La situation, bien que se dégradant, demeure cependant, plus favorable pour la région Occitanie dont 49 % des cours d’eau conservent un débit fort à très fort et, dans une moindre mesure, ceux de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur (PACA) (27 % des cours d’eau présentent un débit fort à très fort, 32 % un débit moyen et 26 % un débit faible). Les débits du Rhône et de la Saône sont inférieurs à la moyenne à la fin de ce mois de janvier.
Les départements de Pyrénées-Orientales et de l’Aude ont connu entre le 21 et le 23 janvier des épisodes de crues dues aux fortes précipitations liées au passage de la tempête Gloria.
Au 10 février 2020, quatre départements conservent des mesures de limitation des usages de l’eau sur les eaux souterraines. Parmi ceux-ci, trois départements conservent, comme plus haut niveau de restriction, l’alerte renforcée (l’Ain, l’Isère et les Pyrénées-Orientales). Le département de la Drôme conserve des mesures au niveau alerte.