La pluviométrie mensuelle est excédentaire de 30 à 50 % sur une grande partie du bassin. Le rapport à la normale se retrouve cependant négatif de -25 à -50% sur l’arc méditerranéen occitan et une partie des Cévennes lozériennes. Avec 3 à 8 jours pluie de plus que la normale, plusieurs épisodes pluvio-orageux intenses et un ensoleillement déficitaire, les sols se sont bien humidifiés, parfois jusqu’à saturation, de la Bourgogne-Franche-Comté aux Alpes du Sud.
Au 1er octobre 2024, les retenues de Bourgogne-Franche-Comté, des Cévennes et de l’arrière-pays languedocien conservent des taux de remplissage conformes aux normales de saison, supérieurs à ceux des 1er septembre 2022 et 2023. Dans les Alpes, le taux global de remplissage des retenues hydroélectriques est de 80 %. Les retenues de Montpezat dans le Massif Central ont été très sollicitées et leur taux de remplissage est désormais inférieur à 20 %, soit la même situation qu’en 2023. Les retenues de l’arrière-pays du Roussillon ont des niveaux comparables à ceux du 1er octobre 2022 et supérieurs à ceux de 2023. Les taux de remplissage des retenues multi-usages en plaine littorale et dans les Pyrénées-Orientales diminuent et restent similaires à ceux du 1er octobre 2023.
Les débits des cours d’eau se maintiennent à des niveaux élevés pour la saison sur la Saône amont et le Jura. Les secteurs du Doubs et de la Saône aval restent proches des normales. Sur les Alpes du Nord et le secteur du Rhône-amont, les cours d’eau conservent une hydraulicité proche des moyennes à forte. Les débits ont augmenté sur l’ensemble des cours d’eau de la région PACA. Les hydraulicités sont largement supérieures à la normale sur les Alpes du Sud jusqu’au littoral des Alpes-Maritimes, un secteur à la pluviométrie excédentaire. Les débits sont inférieurs aux normales sur les cours d’eau côtiers des Bouches-du-Rhône et du Var. Sur les affluents du Rhône côté Ardèche et Gard, ainsi que sur le Languedoc-Roussillon, les débits sont passés en dessous des normales.
Avec la fin de l’été, la vidange des nappes se ralentit sur une majeure partie du bassin. Les nappes de Bourgogne-Franche-Comté continuent leur baisse mais restent à des niveaux très satisfaisants, de modérément haut à très haut. En Rhône-Alpes, les niveaux sont globalement supérieurs, voire très supérieurs, à ceux relevés en septembre 2023. Des niveaux peu satisfaisants, de modérément bas à bas, se rencontrent toujours sur quelques points de suivi des nappes inertielles de la Bresse, de la Dombes et du nord de la Drôme. Les niveaux des nappes sont supérieurs à la moyenne sur les Alpes du Sud. En Provence et sur la Côte d’Azur, les niveaux des nappes reflètent les contrastes pluviométriques de ce mois de septembre, avec des niveaux globalement au-dessus des normales. Les nappes des Bouches-du-Rhône et du Gard sont à des niveaux élevés, avec pour certaines, un début de remplissage. La situation reste toujours très fragile, avec des niveaux bas à très bas, sur les nappes du Roussillon (Aude, Hérault et Orb). Les nappes des Pyrénées-Orientales conservent des niveaux plus bas que ceux de septembre 2023.