Les faibles pluies du mois de septembre ont concerné le sud du bassin et l’extrême nord. Elles ne sont cependant pas assez importantes pour avoir un impact sur les nappes souterraines : le taux de nappes à niveau modérément bas à très bas demeure très important (72 %, soit une augmentation de 1 % par rapport au mois d’août) en particulier en Auvergne-Rhône-Alpes dans le couloir rhodanien.
La situation des cours d’eau est majoritairement très critique puisque 80,01 % des stations présentent des débits bas à très bas. Ainsi, les cours d’eau des régions du bassin ont un débit inférieur à la moyenne : les pourcentages respectifs sont de 88%(ARA), 89% (BFC), 74% (PACA) et 67% (Occitanie). Seules les régions PACA et Occitanie conservent des cours d’eau à débit moyen mais dans des proportions moins importantes qu’au mois d’août : le pourcentage des cours d’eau à faible ou très faible débit augmentant respectivement par rapport au mois dernier de 12% et 15%.
La cinquième campagne usuelle de l’Observatoire national des étiages (ONDE) montre une légère augmentation du pourcentage de cours d’eau à écoulement visible (+3%). Ainsi, 65 % des cours d’eau sont dans cette situation. L’indice ONDE de sept départements progresse, celui de huit départements reste stable alors que celui de huit départements régresse.
Au 10 octobre, 27 départements ont pris des mesures de limitation des usages de l’eau sur l’ensemble des régions du bassin : neuf départements ont des zones au niveau de crise (Côte d’Or, Saône-et-Loire, Ain, Ardèche, Bouches-du-Rhône, Var, Aude et Gard et Lozère), treize départements ont des zones en alerte renforcée (Haute-Marne, Vosges, Doubs, Haute-Saône, Territoire-de-Belfort, Drôme, Isère, Loire, Rhône, Hautes-Alpes, Vaucluse, Hérault et Pyrénées-Orientales), 4 départements ont des zones en alerte (Jura, Savoie, Haute-Savoie et Alpes-de-Haute-Provence) et un département la vigilance (Alpes-maritimes).