La faiblesse des pluies au mois de mai conjuguée à la reprise de la végétation depuis avril ne permet pas une réalimentation des nappes : leur niveau reste majoritairement bas à très bas : 68,42 % des stations sont dans ce cas en particulier les nappes du couloir rhodanien de ses confluences avec la Saône en amont et jusqu'à la Drôme en aval.
A l’opposé du mois dernier, la situation des cours d’eau s’améliore sur l’ensemble du bassin. La part des cours d’eau à faible et très faible débit diminue de 10 % (passant de 70 à 60 %) en particulier dans la région Bourgogne-Franche-Comté où seulement un quart des cours d’eau enregistre des débits faibles. En revanche , la situation est très dégradée en région PACA (82,35 % des cours d’eau présentent un faible débit) et guère mieux en Occitanie et en région ARA (76,92 % et 51,85 % des cours d’eau sont respectivement dans cette situation).
En mai, la première campagne usuelle de l’Observatoire nationale des étiages (ONDE) a été conduite par les agents de l’agence française pour la biodiversité. Elle montre un bon état des cours d’eau avec, cependant, des zones de vigilance à observer, notamment en nord-Isère et sur la partie ouest du département de l’Ain.
Au 10 juin, huit départements ont pris des mesures de limitation des usages de l’eau en Auvergne-Rhône-Alpes (Savoie, Ain, Isère, Drôme et Rhône) et en Occitanie (Aude, Pyrénées-Orientales et Gard). Des restrictions d’usages à un niveau d’alerte et alerte renforcée sont instaurées principalement dans l’Ain et le Rhône sur les couloirs fluvio-glaciaires exploitées par les collectivités de la vallée du Rhône moyen (Bourg-en-Bresse, Valence Romans, Mâconnais tournugeois, métropole de Lyon…), sur la nappe du plio-quaternaire du Roussillon (Aude et Pyrénées-Orientales).
La région PACA a pris, le 29 mai 2019, un arrêté cadre sécheresse régional afin d’améliorer la coordination des mesures liées à la sécheresse dans les départements de cette région.