Les niveaux des nappes sont à la baisse sur 71 % des stations de mesures, sont majoritairement modérément bas à très bas, traduisant en particulier une recharge 2018-2019 peu abondante due aux faibles et tardives précipitations de l’automne et de l’hiver.
La situation des cours d’eau se dégrade de façon importante sur l’ensemble du bassin, seuls les cours d’eau de la région Auvergne-Rhône-Alpes (ARA) profitent d’une légère amélioration dû aux précipitations tombées en juin.
En juin, la seconde campagne usuelle de l’Observatoire national des étiages (ONDE) montre une dégradation des milieux : 7 départements descendent à un indice 8 (sur l'Aude, Bouches-du-Rhône, Côte d’Or, Gard, Hérault, Isère et Jura).
Au 10 juillet, 18 départements ont pris des mesures de limitation des usages de l’eau sur toutes les régions du bassin essentiellement en Rhône-Alpes et Bourgogne-Franche-Comté (Ain, Ardèche, Drôme, Isère, Loire, Rhône et Savoie), 4 départements de Bourgogne-Franche-Comté. Les mesures d'alerte renforcée concernent essentiellement les nappes (nappe plio-quaternaire dans les Pyrénées-Orientales (bordure côtière nord - Aspres Réart) et l’Aude, la nappe de l’Est Lyonnais dans l’Isère et le Rhône, Dombes-Certines dans l’Ain).