En juin, des pluies modérées ont permis de conserver les indicateurs hydrologiques proches ou supérieurs aux normales saisonnières principalement sur la moitié sud du bassin. A partir de la mi-juillet, un épisode caniculaire s'installe sur le bassin alors que la pression sur la ressource en eau est au maximum (prélèvements, irrigation...).
En conséquence, la situation hydrologique se dégrade rapidement, en particulier sur plusieurs secteurs déjà déficitaires en région Auvergne-Rhône-Alpes et en région Bourgogne-Franche-Comté. Les indicateurs hydrologiques sont bas et la situation des milieux aquatiques devient critique sur plusieurs cours d'eau dont la rivière Doubs. Les nappes d'eau souterraine fortement exploitées en vallée du Rhône conservent des niveaux bas.
Les situations déficitaires évoluant rapidement, les 1er comités sécheresse sont mis en place sur plusieurs départements dès le début du mois de juillet. Des mesures de limitation des usages de l'eau sont prises sur tous les départements de la moitié nord bassin. Au mois d'août, les secteurs déficitaires au centre et nord du bassin seront à suivre de près.